Gnuplot обычно не доставляет мне таких проблем, но когда я устанавливаю соотношение сторон вручную или с помощью «квадрата размера», верхняя часть графика обрезается / обрезается. Не имеет значения, является ли термин аква, JPEG, PNG, EPS и т.д.
Я на OSX и использую 4.4 патч 3-го уровня (не самый новый, поскольку у них есть проблемы с типами терминалов).