Вы делаете CHKDSK на живой системе. CHKDSK читает только структуры данных на диске, а не журнал и не то, что может быть кэшировано в оперативной памяти. Это почти всегда возвращает несоответствия и вполне ожидаемо.
В вашем случае, выше, файл может быть создан. NTFS помещает всю эту информацию в журнал, но не обязательно записывает каталог или запись файла (они записаны в ОЗУ, но еще не записаны на диск). Если каталог записан, а не запись файла, CHKDSK увидит недопустимую запись каталога (запись файла несовместима), а затем сообщит, что запись каталога должна быть удалена.
Отключение тома, его очистка или выключение приведут к тому, что все кэшированные данные будут записаны, что приведет к согласованности тома, поэтому CHKDSK при загрузке не сообщает об ошибках.
Наконец, если вы потерпите крах, так как журнал был записан, при перезапуске NTFS прочитает журнал и обновит все структуры диска, чтобы привести их в соответствие. Стандартная база данных.