Я отвечу на вопрос в заголовке, так как я просто случайно отключил расширенный защищенный режим на сайте и хотел вернуться к более закрытой конфигурации.
Список сайтов, для которых отключен расширенный защищенный режим, хранится в папке HKCU\Software\Microsoft\Internet Explorer\TabProcConfig. Домен - это имя, а значение - это некое значение DWORD (в моем случае, 0x147b). Снятие значения повторно активированного EPM на сайте.
Я нашел только две ссылки на этот раздел реестра во всем Интернете. Одним из них был Эрик Лоуренс, автор Fiddler и бывший руководитель программы IE (2004-2012), заявляющий:
Список исключений нигде не отображается в пользовательском интерфейсе, и вы можете очистить весь список только с помощью «Удалить историю браузера». Как это работает под прикрытием, не документировано, но если вы используете Process Monitor, вы можете увидеть, как список EPM записывается в реестр. Когда вы освобождаете сайт с помощью панели уведомлений, вы увидите запись домена в ключ в HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Internet Explorer\TabProcConfig. Значением является DWORD, который имеет различные (недокументированные) флаги о том, какой тип процесса должен использоваться при загрузке сайта (например, уровень его целостности и строгость его AppContainer).
http://blogs.msdn.com/b/ie/archive/2012/11/13/ie10-fast-fluid-perfect-for-touch-and-available-now-for-windows-7.aspx#10369000