Установленный вами флаг -j (пути нежелательной почты) убивает то, что вы хотите, так как он удаляет пути к папкам. При этом, однако, я не вижу способа просто сделать второй +.
Со страницы человека:
Вы можете создать zip-архив, содержащий файлы в foo, без записи имени каталога, foo. Вы можете использовать опцию -j, чтобы не указывать пути, как в:
zip -j foo foo/*
Из того, что я могу сказать, это именно то, как это работает в "молнии" (ничто в человеке не предполагает иначе).
Редактировать: Я был немного после другого парня, когда я пытался выяснить, как делать то, что вы хотите.
Почему бы вам просто не перейти к каталогу и не сжать его? Если вы хотите вернуться туда, где вы были, это будет сделано (хотя это пустая трата времени).
cd first_folder/second_folder/ && zip -r name ./ && mv name.zip $ {здесь} && cd -
(Спасибо @KarthikT за ярлык "cd -").