Windows не диктует ваши пути - на самом деле, это часть проблемы.
Когда ваша система загружается, после того, как BIOS выполнил свою задачу и определил, сколько у вас жестких дисков, где они находятся и как с ними обращаться (и так далее), он переключается на крошечную часть основного загрузочного устройства, называемого Master Загрузочная запись (MBR). Внутри операционной системы устанавливаются небольшие записи, которые сообщают компьютеру, что делать дальше, чтобы начать работу.
Просто удалив Windows с ее конца, MBR больше не имеет смысла для компьютера, поскольку он ссылается на файлы, которые не существуют. Если вы хотите выполнить двойную загрузку, по этой причине вы всегда должны сначала установить Windows. Загрузчик Microsoft прекрасно загружает несколько версий Windows, но традиционно не очень доволен другими операционными системами.
Распространенными загрузчиками для систем Linux являются GRUB и LILO. Один из них, вероятно, устанавливается автоматически, если вы установили linux с DVD-диска или подобного. Просто он перезаписывается, когда Windows устанавливает собственный загрузчик в MBR. В отличие от загрузчика Windows, GRUB также будет загружать Windows, как и LILO.
Есть несколько способов исправить вашу установку Linux, некоторые уже упоминались. Я лично использовал бы установку liveCD linux для загрузки, монтирования ваших устройств, chroot в вашей среде linux и запуска grub-install, чтобы вернуть его обратно в MBR и снова загрузить вашу систему.