Эта проблема не совпадает с https://stackoverflow.com/questions/7644205/is-it-possible-to-have-an-unrelated-autotools-project-inside-an-autotools-projec
Сообщение об ошибке выглядит следующим образом:
[mirror@hugemeow tmp]$ ./configure
configure: error: cannot run /bin/sh ./config.sub
rm: cannot remove `core': Is a directory