Таймер неактивности - это неактивность пользователя, а не бездействие системы. Если бы он был основан на системе, он никогда бы не спал, так как сервисы просыпаются, чтобы выполнить свои задания, могут запускаться запланированные задачи, ваш антивирус может выполнять фоновую проверку. Вы заметите, что сама Windows практически не работает в течение нескольких секунд (что не является проблемой).
Есть несколько способов заставить вашу систему бодрствовать, самый простой из них - создать новый профиль мощности, который либо расширяется (скажем, на 4 часа), либо полностью отключает таймер сна во время кодирования.
Другой дешевый и простой способ - загрузить видео или аудио файл в проигрыватель Windows Media и приостановить его. Это заставит WMP сказать системе, что она не спит, потому что она "проигрывает" медиа-файл.
Большинство кодировщиков, которые я видел (ну, в любом случае, программы-обертки), позволяют вам сказать, чтобы они выполняли какое-либо действие по завершении или чтобы не спали во время работы. К сожалению, на самом деле вы ничего не можете сделать при копировании файлов, кроме приведенного выше совета.