Это очень странно. Что-то случилось с моим Eclipse (Juno), и всякий раз, когда я пытаюсь открыть исходный файл (Java) из приложения, он открывает файл во внешнем редакторе.
Я невежественен.
Также произойдет, когда я нахожусь внутри источника в Eclipse и использую Ctrl-o, чтобы перейти к методу.
Началось происходить на ровном месте ...
Попробуйте настроить следующие параметры в Windows -> Настройки
И Общее > Редакторы > Файловые ассоциации 
Немного старого вопроса, который я знаю, но у меня была та же проблема, и я нашел эту страницу. После тщательной проверки ассоциаций файлов я наткнулся на решение ...
Представляется возможным назначить другой редактор для отдельного файла в Eclipse с помощью меню «Открыть с помощью ...». В моем случае мне удалось сделать это, случайно нажав клавишу контекстного меню и напечатав IS, что заставило мой Java-файл открыть w_I_th редактор _S_ystem по умолчанию. Затем Eclipse запомнил это, поэтому использование Ctrl-O для перехода к методу открывалось во внешнем редакторе, несмотря на то, что файл .java оставался открытым в Eclipse!
Впоследствии закрытие и повторное открытие переназначенного файла .java затем использовалось только внешним редактором, несмотря на то, что другие файлы .java открывались внутри.
Щелкните правой кнопкой мыши по файлу в представлении Navigator (или аналогичном) и выберите меню «Открыть с помощью» - если на нем не выделен значок редактора по умолчанию /Java, это будет исправлением.
