Не существует такого понятия, как "Диспетчер файлов по умолчанию для Linux". Все зависит от того, как вы пытаетесь его открыть. Если вы спросите XDG, вам придется проверить, что XDG думает, что этот файловый менеджер должен быть. То же самое касается любой другой "среды", такой как Gnome или KDE. Если у вас установлены все из них, вполне возможно (и хорошо) для каждого из них иметь свой собственный "файловый менеджер по умолчанию".
Случай с приложениями по умолчанию, кажется, в основном из Windows. Там у нас только одна среда, которую нам представляет Windows. Таким образом, понятие приложения по умолчанию действительно эффективно для всей системы. Это не так с Linux.
То, что вы можете воспринимать как приложения по умолчанию в Linux, например, то, что хранится в переменной среды $ EDITOR, - это не столько "настоящее" приложение по умолчанию, сколько просто соглашение, используемое многими людьми, которые пишут системные инструменты и сценарии. Не стесняйтесь определять $ FILEMANAGER, если это подходит для вашего случая использования.