Вроде - какао - это современный API для новых приложений и, по крайней мере, с последними версиями OS X, предпочтительным.
Carbon - это устаревший API, используемый в OS 8 и 9, и он устарел в новой версии OS X 10.8 Mountain Lion. Однако некоторые приложения для OS X до недавнего времени продолжали использовать API-интерфейс Carbon - в Википедии говорится, что старые версии Photoshop, Itunes и Final Cut были кодированы с помощью углерода, хотя современные версии основаны на какао.
Как разработчик, вы должны использовать какао, а не углерод, поскольку какао поддерживает 64 бита и, конечно, не устарело. В этом случае выбор какао над углеродом - хорошая идея.
Как пользователь, это должно быть прозрачно для вас, но вы будете использовать API, который использует ваше программное обеспечение, при условии, что оно поддерживается.
Я предполагаю, однако, компиляция для любого из них должна работать.