Это старая тема, так что, возможно, это поможет людям, которые ищут эту проблему.
У меня была такая же проблема на VLC 2.1.4. Rincewind с парой файлов. И действительно, оказалось, что у них всех было 2 видеопотока (а также 2 аудиопотока).
Моим решением было загрузить их в MKVmerge, программу, которая помещает видео в формат контейнера Matroska. В MKVmerge я просто отключил лишние видео и аудио потоки, нажал "Start Muxing", и он создал файл, который нормально работал в VLC и, в качестве бонуса, занимал половину дискового пространства.
Если вы предпочитаете другие форматы контейнеров, например MP4, для этого есть и другие программы.
Для меня это считается постоянным решением, так как проблема заключается в нескольких файлах, которые можно починить. Если эта проблема часто возникает у вас, возможно, вам лучше подойдет конкурирующий медиаплеер, такой как MediaPlayer Classic.