В последнем абзаце этого ответа Майкл К. говорит:
Если вы все же идете по пути с несколькими носителями, не забывайте проверять каждый на наличие признаков деградации. Это довольно быстро и легко сделать хэш SHA1 для всех файлов на диске и сравнить результаты, а также сохранить сам список хешей в нескольких местах. Таким образом, даже если в какой-то момент вы получите ошибки чтения, вы можете определить, какая копия "хорошая".
В Windows это можно сделать из командной строки, не загружая служебную программу с контрольной суммой? Как тогда мы должны хранить список хэшей? Будет ли разница между системами NTFS и FAT32?