Что касается Git, см. Https://stackoverflow.com/questions/540535/managing-large-binary-files-with-git для обсуждения этой темы, а также см. Git-приложение.
git-annex не выполняет обработку версий для прилагаемых файлов, но во всех остальных аспектах работает как Git, с за и против. Обязательно прочитайте, чем не является git-приложение.
Я также не считаю rsync особенно плохим решением, если оно хорошо написано. Это сделает очень эффективные переводы. Проблема будет в том, что трудно определить, так сказать, "главный" диск. Если вы только клонируете диск A на другие, все тривиально, но если вы иногда добавляете данные на диск 2 и хотите, чтобы они распространялись на другие диски, это становится утомительным. А что если возникнут конфликты ... Это делает такие решения, как git-annex, очень хорошими. Даже если вы не получите часть управления версиями Git, у вас останется много преимуществ.
Кроме того, по моему опыту пересмотры редко (никогда?) необходим для медиа-файлов и тому подобного, если только вы не создаете музыку или что-то подобное, поэтому компромисс с git-application в моей книге вполне приемлем.
ОБНОВЛЕНИЕ: Хорошее место для поиска начальной информации - кампания на Kickstarter, которую Джои Хесс запустил, чтобы иметь возможность тратить гораздо больше времени на проект. Смотрите ассистент git-annex: как DropBox, но с вашим собственным облаком.
Краткий обзор git-annex на lwn.net также может быть интересным.