"Системные файлы" на самом деле не является четко определенным термином. Скорее всего, достаточно будет просто сделать резервную копию
/etc - все системные файлы конфигурации (очень экономно; только текстовые файлы)/home домашние каталоги, включая личные файлы конфигурации
и если вы запускаете веб /FTP / серверы баз данных и так далее, их содержимое также (для меня это означает /var/www , /var/ftp и /var/lib/automysqlbackup).
Все файлы в /usr , вероятно, являются тем, что вы называете системными файлами, а также другими каталогами в системе. Исключением (по крайней мере, в системах на основе Debian и многих других) являются каталоги /usr/local которые содержат программы и другие компоненты, которые вы установили вне системы пакетов, которые вы, возможно, захотите сохранить (но, возможно, у вас есть установка файлы для этих программ).
Сохраните список установленных пакетов для легкой реконструкции.
Если вы используете программное обеспечение для резервного копирования, которое копирует только те части файлов, которые были изменены (например, rsync как вы упомянули), нагрузка на трафик будет минимальной, за исключением случайного полного резервного копирования, которое вы делаете, чтобы убедиться, что все в порядке.
Альтернативой, если вы хотите иметь возможность быстрого восстановления всей системы, является создание полных изображений, но это совершенно другой шарик с точки зрения требований к пространству и т.д. Вышеупомянутые каталоги должны быть достаточными для резервного копирования.
