Вы можете использовать Process Monitor (из SysInternals/Microsoft) для отслеживания времени загрузки и предоставления файла дампа всей активности системы и файлов во время процесса загрузки.
Используя этот инструмент, вы сможете точно увидеть, какие процессы вызывают эту паузу. Затем, используя такие инструменты, как автозапуск (также из SysInternals/Microsoft), вы можете удалить подозрительные записи при запуске и посмотреть, решит ли это проблему.
Здесь есть пошаговые инструкции с картинками: http://www.msigeek.com/6231/how-to-enable-system-boot-time-logging-using-process-monitor-tool
Суть инструкции:
Загрузите Process Monitor: http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb896645.aspx
Запустите программу, перейдите в Options и выберите Enable Boot Logging, затем выберите нужные настройки в следующем диалоговом окне.
Перезагрузите компьютер. Записывайте, когда пауза начинается с источника времени, синхронизированного с часами вашего компьютера.
Снова откройте Process Monitor. Он предложит вам сохранить отчет, сгенерированный во время загрузки. После сохранения файл отчета откроется, и вы сможете отсканировать то, что происходит в момент начала паузы.
Следуйте подсказкам.