MongoDB - это не приложение, а сервис - он не имеет графического интерфейса сам по себе. Он используется только через другие приложения, для хранения и извлечения данных; чаще всего по веб-сайтам (например, диаспора *, Craigslist).
При написании программы самостоятельно вы бы использовали "драйвер" для подключения к базе данных с любого языка, который вы используете. Например, в Python (интерактивный режим):
$ python
>>> import pymongo
>>> connection = pymongo.Connection("localhost")
>>> db = connection.testdatabase
Есть приложения для просмотра всего содержимого MongoDB; большинство из них перечислены на странице интерфейса администратора на веб-сайте MongoDB.