Я не рекомендую FTP через SSL, потому что это громоздко и может потребовать от вас приобрести сертификаты SSL. Это также может быть проблемой для правильной настройки. (Некоторые люди путают SFTP/FTPS).
SFTP - это не то же самое, что FTP/S; последний реализует оригинальный протокол FTP через отдельно созданный безопасный туннель.
Перейти с SFTP (иногда называемый SCP), это передача файлов по SSH. Вы можете получить бесплатные или платные клиенты и серверы для Windows, Linux и Mac для SCP - например, WinSCP или Cyberduck.
Вы можете установить SSH-сервер в Windows, используя Cygwin, или вы можете заплатить за него.
Что касается хранения отдельных файлов, вы можете написать задание Cron (или эквивалент вашей ОС), которое проверяет загруженные файлы и затем перемещает их из папки. Это единственный способ сделать это, если все будут использовать один и тот же логин. В противном случае вам придется посадить всех в тюрьму и дать каждому из них свой логин.