Попробуйте запустить утилиту проверки файловой системы fsck на диске. fsck попытается восстановить любые потерянные фрагменты файла, которые могут занимать место без привязки к файлу, и сохранить их в каталоге с именем lost+found . После выхода из fsck введите каталог lost+found от имени пользователя root и посмотрите, есть ли у вас какие-либо файлы, которые необходимы или должны быть удалены.
Изменить: я не уверен, как dosfsck обрабатывает потерянные фрагменты файлов, но он должен иметь возможность обнаруживать и восстанавливать потерянные фрагменты файлов. Если это не работает, скопируйте все данные с диска на другое устройство хранения, переформатируйте диск, а затем скопируйте данные обратно на диск.
Редактировать 2: Из вывода dosfsck , похоже, ваша таблица разделов повреждена. См. Этот вопрос в разделе «Спросите Ubuntu»: https://askubuntu.com/questions/3700/dosfsck-unable-to-create-unique-name.