Команды разные, потому что они разрабатывались параллельно, без взаимодействия. Команды DOS, как правило, являются производными от QDOS, которая сама была производной от CP/M, Программы управления микрокомпьютерами Гэри Килдалла, которая была в значительной степени первой операционной системой для микропроцессоров Intel, изначально предназначенной для процессора Intel 8080 и написанной в значительной степени для включения PL/M для управления дисководом. Все это произошло в начале 1970-х годов.
Linux в значительной степени является производной от Unix, причем многие команды с одинаковыми именами выполняют идентичные (или очень, очень похожие функции). Unix разрабатывался начиная с 1969 года, и большая часть первоначального именования команд происходила параллельно с CP/M.
CP/M был нацелен на персональные компьютеры, тогда как Unix был нацелен на миникомпьютеры, как правило, в корпоративных лабораториях или университетских исследовательских центрах, и между этими двумя усилиями действительно не было никакого сотрудничества.
Теперь он в значительной степени придерживается принципа обеспечения дифференциации, при этом ни одна из сторон не желает признать, что соглашение об именах другой стороны является превосходящим.
Обе системы допускают псевдонимы команд.