Оба подхода имеют свои преимущества. PCI или PCIe не должны иметь значения, так как PCI может легко обрабатывать скорости, необходимые беспроводным соединениям. Как и в случае с другим ответом, я бы решил, основываясь на доступных слотах, и, если возможно, использовал бы более медленный слот для него.
USB довольно близок по скорости к беспроводному, но имеет преимущество в большей гибкости, чем внутренние адаптеры.
Я предпочел бы внутренний для рабочего стола, так как я не буду удалять его, а выпуклые предметы, как правило, могут быть захвачены и повреждены.
Если я хочу переключить его между системами (как часть тестового набора или для старого ноутбука), то я бы пошел с USB