Я думаю, я знаю, что ты имеешь в виду сейчас. Вы хотите, чтобы файл js отправлялся клиенту, но вы хотите обработать его как PHP, чтобы вы могли изменить файл js перед отправкой его клиенту.
Если это так, попробуйте:
<Directory /var/www/somespecialjsfolder >
AddType application/x-httpd-php .js
</Directory>
Возможно, вам понадобится добавить код PHP, чтобы установить mime-тип для application/x-javascript на выходе вашего js.
Тем не менее, это, вероятно, плохая идея. Вы не хотите отлаживать Javascript, который отличается для каждого клиента. Поместите все ваши настройки клиента в файл js, сохраняйте его согласованным. Абстрагируйте вещи с помощью JQuery или его эквивалента.