Краткий ответ: не используйте поцарапанные / поврежденные носители.
Длинный ответ с более подробной информацией: во время загрузки Windows еще не переключилась на многопоточную среду. Если какой-то один компонент решит не запускать асинхронно, весь процесс загрузки остановится, пока либо A) процесс не завершится, либо B) Windows не решит завершить процесс. В случае привода CD-Rom ... оно рассматривается как устройство, аналогичное любому другому с драйвером, и когда этот драйвер загружается, первое, что он делает, это запрашивает, что находится в приводе. К сожалению, это не асинхронный процесс. Дисковод CD-ROM ожидает, пока накопитель вернет некоторую информацию о том, что находится внутри, и блокирует все другие операции выполнения кода во время процесса загрузки. К счастью, Windows не убивает его (или вы получите BSOD), а драйвер имеет некоторую изощренную логистику, чтобы через некоторое время перестать спрашивать, что находится на диске. (точно не знаю, что это за время). Как только Windows закончила загрузку, она переключается в многопоточную среду, поэтому CD-ROM не блокирует всю машину в ожидании возвращения результатов.
Кроме того ... до фактической "загрузки Windows" ваш BIOS может иметь своего рода восстановление прошивки, которое может попытаться получить доступ к вашему компакт-диску, который также не работает в многопоточной среде и страдает от того же "ожидания" драйв сказать что-то типа проблем.