Ваш вопрос не очень ясен, не могли бы вы уточнить?
Если служба не работает на порте, Nmap не будет отображаться как открытый. В Ubuntu, насколько мне известно, по умолчанию для iptables применяется политика ACCEPT, поэтому, если вы запускаете службу, работающую на X-порту, она будет без проблем проходить через брандмауэр. Таким образом, эти порты на самом деле не "закрыты" в том смысле, что они заблокированы, просто им нечего там слушать.
При этом, если вы хотите явно открыть порт, вы можете открыть его с помощью iptables
iptables -I INPUT -p tcp --dport 22 -j ACCEPT
iptables -I INPUT -p udp --dport 53 -j ACCEPT
Вы можете изменить -p на другой протокол, а --dport на другой номер порта. У iptables есть множество других опций, которые вы можете посмотреть. -J ПРИНЯТЬ может быть изменено на DROP или REJECT, если вы хотите заблокировать их.