Как переименовать файлы в пакетном режиме с помощью команды переименования Unix?

Question

У меня есть файлы, имена которых выглядят так:

Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.indel.novoalign.sam
Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.indel.bwa.sam

Что я хочу сделать, это заменить все indel на snp в именах, дающих

Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.snp.novoalign.sam
Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.snp.bwa.sam

Но почему эта команда unix не работает?

$ rename 's/indel/snp/' *.sam

Answer 1

Потому что вы используете неправильную программу переименования. Это правильный.

Answer 2

"Обычная" утилита rename (часть util-linux) принимает 3 или более аргумента (как указано в TFM ..)

rename FROM TO filespec...

Таким образом, вы (вероятно) ищете:

rename .indel. .snp. *.sam

Сначала проверьте это на пустом каталоге, так как вы можете использовать другую реализацию rename .

Или проверьте справочную страницу. кашель

Answer 3

ls -1 | while read item
do
  mv $item $(echo $item|sed -e s/.indel./.snp./g);
done

Answer 4

rename не выполняет подстановки в стиле sed . Этот очень короткий Perl-скрипт позволит вам выполнять regmv *.sam s/indel/snp/:

#!/usr/bin/perl -w
#
# regmv - Rename files using a regular expression
#
# This program renames files by using a regular expression to
# determine their new name.
#
# Usage: regmv file [file ...] regexp
#
# $Id: regmv,v 1.1 1998/10/14 17:07:55 blrfl Exp $
#

sub at_clean()
{
    my $message = $@;
    $message =~ s|\s+at /.*$||s;
    return $message;
}

(@ARGV > 1)
    || die "Usage: regmv [options] file [file ...] regexp\n";

my $expr = pop @ARGV;

$_ = 'SomeValue';
eval "\$_ =~ $expr";
die "Yuck: " . at_clean() if $@;

foreach (@ARGV)
{
    my $old = $_;

    eval "\$_ =~ $expr";

    next if $_ eq $old;

    (rename $old, $_)
        || die "Rename failed: $!\n";
}