Это должно быть возможно с API-интерфейсом contentSettings в Chrome 15, так как вы можете включить плагин PDF для всех URL-адресов, но возможность изменения для каждого плагина еще не встроена в браузер (см. Crbug.com/106917).
Вместо этого вы можете установить расширение параметров содержимого для каждого подключаемого модуля , перейти на страницу параметров расширения, выбрать средство просмотра PDF и ввести <all_urls>
в качестве шаблона имени хоста и выбрать "Разрешить".
Это заставит плагин PDF работать на всех сайтах, оставляя другие плагины по умолчанию (например, click-to-play), и, надеюсь, это также позволит работать PDF-файлам, защищенным паролем.
Обновление: Chrome 17+ теперь включает флажок "Разрешить" рядом с каждым подключаемым модулем на странице подключаемых модулей chrome://, но он не такой гибкий, как расширение, указанное выше.