Метод, который я использую, будет состоять в том, чтобы скопировать файлы в отдельную папку, а затем использовать вне всякого сравнения, чтобы сравнить их с исходным местоположением, чтобы удалить их оттуда. Единственная проблема, которая должна быть решена, - если существует более одного файла с одинаковым именем, Windows добавит экземпляр, например, File (1).txt, и поэтому последующее сравнение не сможет напрямую сравниваться с оригиналом без каких-либо дополнительных шаги. Это можно преодолеть с помощью регулярных выражений, как указано здесь:
http://www.scootersoftware.com/vbulletin/showpost.php?s=1e2534c90a2d45e1298797eb946cbb17&p=28751&postcount=7
... каково решение в сообщении на форуме Scooter Software/Beyond Compare: «Сравнить файлы с частично совпадающими именами файлов?": http://www.scootersoftware.com/vbulletin/showthread.php?p=28696