Это резервные файлы, поэтому при необходимости вы можете вернуться к предыдущей версии файла.
Если они вам мешают, просто периодически очищайте их:
find . -name "*~" -depth 1 -delete
Это удалит все файлы *~ найденные в текущем каталоге, удалите -depth 1 если вы хотите рекурсивно очистить их во всех подкаталогах, конечно, любой файл, заканчивающийся на ~ будет уничтожен, поэтому соблюдайте осторожность.
Конечно, вы можете сказать Emacs прекратить их делать, если хотите, просто добавьте эту строку в ваш файл .emacs .
(setq make-backup-files nil) ;; do not make backup files