Когда вы сохраняете файл в файловой системе NTFS, он создает файл где-то на диске, а затем создает ссылку на него в таблице основных файлов (MFT). Когда программа запрашивает файл, Windows ищет в MFT имя файла и, если он найден, возвращает информацию, на которую указывает имя файла.
Жесткая ссылка берет существующий файл (или папку) и создает другую, другую запись в MFT, которая указывает на те же данные. Для программ оба файла выглядят как разные файлы с одинаковой информацией, но на самом деле это один и тот же файл. Если вы измените один файл, другой тоже будет изменен, потому что это фактически один и тот же файл с двумя разными именами.
Это отличается от ярлыка, потому что ярлык на самом деле сам файл, который содержит информацию о цели.