Достаточно ли псевдонима, во многом будет зависеть от рассматриваемой программы и от того, как вы ее используете. Если вы являетесь единственным пользователем на вашем компьютере, использующим программу, и вы всегда вызываете ее из интерактивной консоли и никогда не используете ее в скриптах, тогда может быть достаточно псевдонима (если вы не заметите, что что-то работает неправильно).
Но если вы хотите использовать команду в сценариях или даже добавить к ней средства запуска (в меню GNOME или на панели gnome или в доке и т.д.), Тогда будет удобнее сделать что-то еще.
Другие варианты: 1) определить символическую ссылку, например, из /usr/local/bin
cd /usr/local/bin
sudo ln -s /usr/java/jdk1.6.0_21/bin/javac javac
Тогда javac helloworld.java
должен работать.
Или 2) измените переменную окружения $ PATH, чтобы включить соответствующий каталог, например, в ваш .bashrc или .profile и т.д., Добавьте:
export PATH=$PATH:/usr/java/jdk1.6.0_21/bin
И тогда все исполняемые файлы в этой папке могут быть вызваны напрямую.