В Synergy можно настроить конфигурацию таким образом, чтобы у вас был один сервер и один клиент, оба с двумя мониторами, но на клиентском компьютере есть такие мониторы, что один находится слева от левого монитора сервера, а другой - справа от правого монитора сервера? Например:
+----------+ +----------+ +----------+ +----------+
| client | | server | | server | | client |
| screen1 | | screen1 | | screen2 | | screen2 |
+----------+ +----------+ +----------+ +----------+
Надеюсь, мой ASCII достаточно хорош, чтобы понять. Обе машины будут работать под управлением Linux. Если есть способ сделать это, возиться с конфигами xorg, то это тоже будет вполне приемлемо.