Планируете ли вы запускать более одной виртуальной машины одновременно? Если нет, то, скорее всего, вам будет лучше с двухъядерным процессором с более высокой тактовой частотой.
Очень уместное сравнение смотрите в статье Сравнение Intel Dual Core и Quad Core с использованием VMark.
Изменить: как DMA указал, что лучше всего будет зависеть от ваших требований использования. Если вы склонны запускать несколько процессорных ресурсов одновременно (или интенсивный многопоточный процесс), дополнительные ядра могут быть лучше. При рассмотрении «одновременных» это включает процессы, работающие внутри ВМ и снаружи.
Если большую часть времени CPu получает удар только от gcc внутри вашей виртуальной машины, а также от того, что еще работает в вашей хост-ОС, я бы сказал, что двухъядерного ядра будет вполне достаточно, особенно если есть соображения стоимости.