Одна вещь, которую вы не упомянули, это ОС, которую вы используете. Еще одна вещь, о которой вы не упомянули, - дефрагментируете ли вы жесткий диск. Насколько это актуально, зависит от ОС.
Фрагментация файлов увеличивается с течением времени, что приводит к постепенному замедлению, так как для чтения файлов, в которых их части разбросаны, а не расположены последовательно, требуется больше времени. Каждый раз, когда старые файлы стираются или редактируются, а новые добавляются, распределение файлов может становиться все более фрагментированным.
Предполагая, что вы используете Windows, возможно, что указанный файл дефрагментации не запускается автоматически по расписанию. Также вероятно, что это не очень агрессивно.
Существует сторонний дефрагментатор MyDefrag, использующий API-интерфейс дефрагментации Windows. Я использую это и нашел, что это очень хорошо. Он не только дефрагментирует, но и оптимизирует расположение файлов на диске, что обеспечивает более эффективный доступ.