кратко
Program Files - это то место, где установлено 64-битное программное обеспечение.
Program Files (x86) - это то место, где установлено 32-битное программное обеспечение.
Program Data - это то место, где оба набора программ должны записывать данные (например, данные конфигурации), которые они хотят сохранить для всех пользователей (поэтому они не могут быть в AppData или MyDocs для одного пользователя), и которые не принадлежат реестру.
Разница между двумя папками ProgFiles позволяет устанавливать две разные версии программного обеспечения (например, Internet Explorer поставляется с 32- и 64-разрядными версиями, установленными вместе), поскольку Windows молча перенаправляет запросы от программного обеспечения в папках (x86) .
Что касается вопроса 2, вы, вероятно, большую часть времени можете игнорировать Program Data программы (там ничего не должно быть установлено ), но я часто прыгаю между двумя папками ProgFiles поэтому я буду искать здесь другие ответы, чтобы помочь с этим.