Ваш ~/.profile или ~/.bash_profile получены из процесса входа в систему. Оболочка, которую вы запускаете в окне терминала, запускается в другом процессе, который является потомком процесса входа в систему. Некоторые параметры, заданные процессом входа в систему, экспортируются в дочерние процессы, но псевдонимы и определения функций - нет. Вместо этого псевдонимы и функции должны быть определены в файле rc вашей оболочки, в данном случае ~/.bashrc. Этот файл создается каждым интерактивным процессом bash.
Что касается того, нужно ли вам помещать настройки переменных среды и другой стартовый код в ~/.profile или ~/.bash_profile, man bash говорит, что оболочки входа ищут ~/.bash_profile, ~/.bash_login и ~/.profile в этот порядок, и прочитайте первый найденный. Поэтому, если у вас есть ~/.bash_profile и ~/.profile, будет прочитан только ~/.bash_profile, а ~/.profile будет проигнорирован. То, что вы используете, зависит от вас, но если вы планируете использовать другие оболочки, кроме bash, вы можете поместить свои настройки в ~/.profile и удалить ~/.bash_profile.