Используя Windows-собственный FTP, я не знаю ни одного способа сделать это, кроме каталога за каталогом. FTP как протокол не пересекает деревья каталогов: он читает каталог, решает, что это не файл, и пропускает его.
Вам не разрешено устанавливать какое-либо программное обеспечение или вам не разрешено запускать исполняемые файлы? Если вы можете запустить .exe, вы можете попробовать загрузить бинарный файл, такой как pscp или psftp (который поддерживает пакетные сценарии). Их не нужно устанавливать, и это может дать вам еще несколько вариантов.