Apache обслуживает страницы только из своего DocumentRoot, и все файлы будут относиться к этому. Если вы хотите, хотя я настоятельно рекомендую это сделать, вы можете изменить DocumentRoot на / и, таким образом, обслуживать все файлы, но вам придется предоставить Apache доступ для чтения.
Что касается файла: протокол, который сообщает вашему браузеру и т.д., Как получить доступ к рассматриваемому файлу. file: говорит ему искать его как файл в файловой системе. http: говорит ему запрашивать его по протоколу HTTP (тот, который Apache обслуживает по умолчанию на порте 80). Есть и другие, которые вы также можете использовать, но это говорит клиенту, как он должен запросить файл. В браузере по умолчанию обычно используется HTTP-порт 80. Чтобы изменить это, зависит от клиента, который вы используете для доступа к файлу.
Если вам нужно запустить файл PHP без веб-сервера, это возможно. Должна быть версия командной строки, в которой вы можете передать файл в качестве параметра: php /Users/user/Sites/example.php