Если у вас есть доступ к загрузчику (через консоль VNC) или вы можете каким-либо другим способом редактировать параметры командной строки ядра, добавьте параметры forcefsck
или fsck.mode=force
.
Альтернатива: поскольку файловая система доступна только для чтения, вы, вероятно, можете запустить fsck на ней напрямую. Вот как fsck-on-boot реализован в дистрибутивах, в которых отсутствует initramfs: rootfs монтируется только для чтения, проверяется и перемонтируется для чтения-записи в случае успеха (или система перезагружается после ремонта).
Если файловая система обнаружила проблемы и запустила перемонтирование (в отличие от того, что оно запускается базовым устройством), есть вероятность, что fsck все равно запустится при следующей перезагрузке.