Пытался изменить владельца папки, но выполнил эту команду
root@xyz.com:~# chown -R www-data:www-data /
Вся структура каталогов в / изменилась. Осознав ошибку, я выполнил эту команду
root@xyz.com:~# chown -R root:root /
Теперь я не могу выполнять PHP-скрипты от имени пользователя Apache. Mysql не может найти существующую базу данных (показывает «неизвестная база данных»). Не уверен, что еще сломалось.