Кажется, в вашей установке Windows отсутствует необходимый аудиокодек для этой цели. Большинство медиаплееров поставляются с собственным пакетом кодеков и не видят этой проблемы (хорошо, я полагаю, вы не имеете в виду Windows Media Player здесь).
Вы можете использовать такой инструмент, как GSpot v2.70a, чтобы проверить, установлены ли необходимые кодеки для воспроизведения медиа-файла.
Конечно, я также предполагаю, что другие медиа-файлы хорошо воспроизводятся на вашем Media Center, и только этот MKV-файл не воспроизводит аудио.