Как я могу убедиться, что мой основной раздел Windows не будет заражен?
Вы никогда не можете быть уверены на 100,00%, но если просто не смонтировать другой раздел, это будет иметь большое значение.
В Windows 10 вы можете найти соответствующий интерфейс для монтирования и размонтирования разделов в папках с буквами дисков в:
- Щелкните правой кнопкой мыши на старте (он же флаг Windows)
- выберите прогон
- введите 'diskmgmt.msc'
- Щелкните правой кнопкой мыши на диске, который вы хотите изменить.
- выберите изменить букву диска и пути.
- Удалите букву диска или точку монтирования.

Должен ли я просто создать новый раздел для установки Windows 10, и все будет хорошо?
Нет. Windows всегда показывает все подключенные разделы как буквы дисков. Это легкий доступ для вас и легкий доступ для любого вредоносного ПО.
Я не могу использовать виртуализацию по соображениям производительности
Почему бы и нет? В прошлый раз, когда я использовал виртуализацию, я заархивировал 98% скорости вычисления чистого металла. Незначительная разница. Используете ли вы специальную программу с большим количеством системных вызовов? Доступ к специальной карте PCI-e без необходимости проходить? И т.д.
Если нет, то виртуализация должна быть почти такой же быстрой, более удобной (не нужно переключать загруженные операционные системы), и обычно проще быстро создать полную резервную копию системы или использовать моментальные снимки.