Если импортированный вами PDF-файл использовал векторную графику для таких элементов, как QR-код, то да, экспортируемый вами PDF-файл также будет содержать векторную графику. После некоторых экспериментов кажется, что Inkscape не производит точно такую же растровую (растровую) графику при экспорте в PDF, но этого должно быть достаточно для таких элементов, как QR-код.
Если целью является только удаление страниц, рассматривали ли вы другие варианты, такие как Acrobat (для Windows или Mac) или pdftk (для Linux)?
