AFAIK начиная с macOS 10.13, встроенный в систему afconvert может кодировать файлы FLAC:
afconvert "input.wav" -d flac "output.flac"
Однако я не мог понять, как позволить этой команде рекурсивно преобразовывать папку (вложенную или нет) файлов wav или aiff во flac (и сохранять основные имена файлов без изменений, за исключением необходимых изменений расширения).