Способ "Всегда на вершине" работает просто. Вы в основном устанавливаете флаг в программе. В более программном смысле вы устанавливаете z-порядок большим числом, но это не имеет значения для этого ответа.
Дело в том, что когда программа позволяет установить любое окно сверху, она почти всегда будет иметь возможность отменить это. Поскольку это просто изменяет свойство окна, а не каким-то образом "держит" его впереди, любая программа, которая может установить любое окно как "всегда сверху", должна также иметь возможность отменить это.
Есть даже программы, которые могут сделать это на основе правил. Если программа x обнаружена, автоматически установите ее в верхнее состояние на x. Я не знаю бесплатной программы, которая могла бы сделать это, и рекомендации по программному обеспечению тоже не по теме, но, учитывая ваш вопрос, я уверен, что вы их уже видели.