После нескольких коммитов я решил удалить файл, который стал ненужным. Я так и сделал, щелкнул по корню сайта и нажал "Проверить".
Все файлы, которые изменились во время последнего коммита, находятся в этом списке, но не тот, который я удалил. (афаик должен показывать как удаленный)