Нет. Пустой блок по-прежнему будет указан как пустой и, следовательно, будет TRIMed.
Даже если ваш диск зашифрован, сам диск ничего не знает о шифровании, просто о том, где какие данные (и какое пространство не используется в данный момент). Так что все будет хорошо.
Что касается производительности, я не знаю, как это может повлиять. Казалось бы, некоторые оптимизации в SSD могут не работать, но я не могу понять, какие из них требуют знания о реальных данных, поэтому, вероятно, это не окажет никакого влияния с точки зрения хранения.
Обратите внимание, что шифрование требует дополнительных циклов ЦП, поэтому влияние может быть заметно там.