При редактировании файла в vim он отображается правильно, если я не открываю vim в окне "экран" (надеюсь, что "окно" - правильный термин здесь).
На рисунке ниже показано, что я имею в виду: я использовал :set list чтобы сделать EOL видимым, но компоновка такая же без :set list только без знаков $ .
Я нашел некоторые онлайн-ресурсы (например, этот вопрос SU), но ничего, что вызывало бы сенсацию «да, теперь я понял».
РЕДАКТИРОВАТЬ: Я до сих пор борюсь с этой проблемой, и я понимаю, что это кажется несколько распространенным. Похоже, это связано с настройками, выполненными stty (например, onlcr).