Несколько вещей, которые вы можете попробовать проверить. Файл /etc/passwd позволяющий проверить, была ли установлена оболочка, а также проверить, что в файлах корневого пользователя .profile и .bashrc есть что-то, что мешает вам войти в систему.
редактировать
@Burgi. Файл /etc/passwd будет иметь оболочку, в которую пользователь входит как. Обычно у вас есть /bin/bash или какая-то другая соответствующая оболочка. Как только пользователь войдет в эту среду оболочки в файле passwd, связанном с ним, будет запущен сеанс пользователя с этой оболочкой. Однако если бы не было действительной оболочки, то пользователь не мог бы войти в систему, так как не было допустимой среды оболочки для входа в систему. Также есть /sbin/nologin который "отображает сообщение о том, что учетная запись недоступна и выходит из-под нуля. Он предназначен для замены поля оболочки, чтобы запретить вход в систему для учетной записи. " man nologin для более подробной информации. Вы также можете использовать /bin/false чтобы получить аналогичный эффект. Проверьте Chroot для SFTP.
С файлами .profile и .bashrc есть исполняемый файл, поэтому если бы он имел logout например, в этих файлах, это привело бы к выходу пользователя из системы. Поскольку это происходит при входе в систему, это выглядит так, как будто пользователь не входит в систему.
Надеюсь, это было полезно.