Да. Конкатенация ранее разделенного файла воссоздает каждый его бит, независимо от типа файла или содержимого. Вы можете позаботиться о метаданных (разрешения и т.д.). И, конечно, следите за порядком своих кусков.
Разделение не может поставить под угрозу безопасность. Я имею в виду: если бы это было возможно, злоумышленники сами разбили бы большой файл, чтобы облегчить им задачу. Это было бы серьезным недостатком алгоритма шифрования.
Да, если конечный выходной файл идентичен исходному входному файлу, проблем нет.
В любом случае, вы не можете создать проблему безопасности таким образом, худшее, что вы можете сделать, это ввести повреждение и полностью потерять исходный файл.
Я бы сделал контрольную сумму исходного файла перед разделением, чтобы вы могли проверить его целостность на дальнем конце после объединения. (md5sum, sha1sum и sha256sum sum - это все утилиты для контрольных сумм, обычно встречающиеся в современных системах).
