В моей Ubuntu VM есть 3 подключенных VDI. Системный VDI и 2 накопительных VDI.
После объединения всех файлов в один VDI хранилища система больше не будет загружаться, хотя удаленный VDI был пуст и даже не использовался для файлов, относящихся к системе.