В идеальном мире нет недостатков. В действительности, некоторые программы не высвобождают ресурсы правильно, а некоторые аппаратные средства не очень хорошо справляются с выходом из спящего режима.
Если вы всегда используете hibernate с программным обеспечением, которое пропускает ресурсы, у вас получится очень медленный компьютер. Это может быть решено с перезагрузкой.
Если вы используете режим гибернации с оборудованием, которое не поддерживает правильное восстановление из режима гибернации, то это устройство может не работать до перезагрузки или еще хуже, вся ваша система может не работать до перезагрузки. Современное оборудование довольно хорошо, однако.
Короче говоря: если вы используете современное аппаратное обеспечение, у вас не должно возникнуть никаких проблем, кроме случаев, когда вам приходится делать полный перезапуск из-за утечки программного обеспечения.